Während der Ereignisse von "Planet der Affen: Revolution" setzen die Kolonisten, die auf das von Caesar angeführte Affenvolk treffen, einen Notruf ab, der eine viele Meilen entfernte Militärbasis erreicht. Die dort stationierten Soldaten unter Führung des Colonel machen sich daraufhin auf den Weg, um die Affen ein für allemal zu besiegen. In einem blutigen Konflikt mit dem rücksichtslosen Colonel erleiden Caesar und seine Artgenossen schwere Verluste. Caesar ringt daraufhin mit seinen dunklen Instinkten und dem Wunsch nach Rache. Um Klarheit zu bekommen, begibt er sich zusammen mit seinen engsten Vertrauten auf eine mystische Reise, doch diese führt ihn am Ende zurück zum Colonel. Als sie sich endlich gegenüberstehen, kommt es zur großen Schlacht, die nicht nur über das Schicksal von Affen und Menschen, sondern über die gesamte Zukunft des Planeten entscheidet.
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