Seit den Ereignissen in Boss Baby (2017) ist viel Zeit vergangen und das Boss Baby ist erwachsen geworden. Doch als die Baby Corp mit einer neuen Bedrohung zu kämpfen hat, muss der beste Agent, den sie je hatten, den Anzug gegen die Windeln eintauschen. Ein besonders heimtückischer Bösewicht versucht, alle Babys gegen ihre Eltern aufzuwiegeln und diese überflüssig werden zu lassen. Hilfe bekommt das Boss Baby dabei nicht nur von seiner Nichte Tabitha...
Aus dem Boss Baby, das sein Bruder Tim Templeton damals unbedingt loswerden wollte, ist inzwischen Onkel Ted geworden. Er kann sich zwar nicht mehr an seine Zeit bei Baby Corp erinnern, trägt aber immer noch einen Anzug und ist dick im Geschäft. Zeit für seine zwei Nichten hat er kaum, denn ein Meeting jagt das nächste, aber dafür schickt er immer teure Geschenke. Es sieht fast so aus, als wäre mit dem Erwachsenendasein Teds Kindheitswunsch wahr geworden.
Tim hingegen ist mit Leib und Seele zweifacher Papa, und seine größte Sorge ist es, dass seine ältere Tochter Tabitha zu schnell erwachsen wird bis zu dem Tag, an dem Baby Tina sich als Oh Schreck! Undercover-Agent der Baby Corp zu erkennen gibt. Ihre Mission: die geheimen Machenschaften an der Schule ihrer Schwester aufzudecken und dafür Onkel Ted als Boss Baby zurückzuholen und die Welt zu retten.
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