Der Vater von Tim, Harry Goodman, ist auf mysteriöse Weise verschwunden und wird seither vermisst. Doch Tim kann nicht abwarten, bis sein Vater wiederkommt. Er muss herausfinden, was mit ihm passiert ist. Zur Unterstützung begleitet ihn Harrys ehemaliger Pokemon-Partner Detective Pikachu. Ein urkomisch kluger, anbetungswürdiger Super-Detektiv, der selbst für sich selbst ein Rätsel ist. Als Tim und Pikachu feststellen, dass sie in der Lage sind, miteinander kommunizieren zu können, unternehmen sie ein spannendes Abenteuer um das vertrackte Mysterium aufzuklären. In den neonbeleuchteten Straßen der Metropole Ryme City, in der Menschen und Pokemon in einer hyperrealistischen Live-Action-Welt zusammenleben, stoßen sie auf Hinweise, wonach die friedliche Koexistenz zwischen Mensch und Pokemon zerstört werden könnte und das ganze Pokemon-Universum in Gefahr gerät.
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